Publié dès l'âge de 19 ans dans des fanzines (notamment deux nouvelles : LOVEBLIND et LE CHAT NOIR) il signe son premier roman en 1982 aux Editions du Fleuve noir, Planeta non grata, un récit de science-fiction fantastique. Dans les années 1980, il fait partie de la jeune génération des collections anticipation et espionnage chez cet éditeur, aux côtés de Serge Brussolo, Pierre Pelot ou Michel Pagel.
Il écrit une trentaine de romans pour cet éditeur avant de se tourner vers la littérature jeunesse où il s'impose comme auteur de récits d'aventures ou fantastiques : La Sorcière de midi, Le Prince d'Ebène, Croisière en meurtre majeur font rapidement de lui un auteur à succès. Il reçoit de nombreux prix dont le Totem au salon du livre et de la presse jeunesse en 1993 pour Croisière en meurtre majeur.
Tout en restant fidèle au fantastique et à l'imaginaire, il explore aussi bien le genre policier qu'historique, et publie en outre neuf biographies de compositeurs de musique classique chez Rageot Editeur.
Honaker est un autodidacte qui aime à composer des personnages sombres et inquiétants, complexes dans leurs relations, comme Ebenezer Graymes de la série du Le Commandeur - son « double », dit-il.
Il est à ce jour l'auteur de plus d'une centaine d'ouvrages, parus chez Hachette, Gallimard, Flammarion, Rageot et Magnard. Il est traduit dans une douzaine de langues, dont le chinois et le russe.